Elinkeinoryhmä
Naantalin Yrittäjät ry:n elinkeinoryhmän tehtävä on pitkän aikavälin strateginen suunnittelu ja elinkeino-ohjelman pävittäminen sekä toteutuksen seuranta. Ryhmän kokouksiin osallistuvat Naantalin Yrittäjien hallituksen jäsenet sekä 4-6 Naantalin kaupungin luottamushenkilöä.
Naantalin Naisyrittäjät
Naantalin Naisyrittäjät toimivat projekti- ja teemakohtaisesti järjestäytyvissä ryhmissä. Jaoston toimintaan kuuluvat mm. NaisSunday- tapahtuma ja Taidetaivallus. Naantalin Naisyrittäjien yhteyshenkilö on Maarit Lievejärvi, Naantalin keskustassa sijaitsevan Suutariesteri-liikkeen yrittäjä.
Teollisuusjaosto
Teollisuusjaosto keskittyy mm. rakentamisen, logistiikan sekä teollisen tuotannon yritysten toimintaedellytysten kehittämiseen. Jaostoon kutsutaan eri toimialojen ja keskeisten sidosryhmien edustajia ja asiantuntijoita alueen yrityksistä.